Frederick Hasselborough đã vô tình phát hiện ra hòn đảo không người ở vào ngày 11 tháng 7 năm 1810 khi tìm kiếm khu vực săn bắt hải cẩu mới.[4] Ông tuyên bố, hòn đảo Macquarie là thuộc chủ quyền của Anh và nó được sáp nhập vào thuộc địa New South Wales vào năm 1810. Hòn đảo này lấy tên của đại tá Lachlan Macquarie, người trở thành Thống đốc bang New South Wales từ năm 1810 đến 1821. Hasselborough báo cáo về một xác tàu có một thiết kế cổ. Điều này đã làm nảy sinh suy đoán rằng, hòn đảo có thể đã được viếng thăm trước đó bởi người Polynesia hoặc nhóm dân tộc khác.[5]

Richard Siddins và những thủy thủ đoàn cuối cùng của ông bị đắm ở vịnh Hasselborough vào ngày 11 tháng 6 năm 1812. Sau đó, Joseph Underwood đã gửi hai con tàu là Elizabeth và Mary đến đảo để giải cứu các thủy thủ đoàn còn lại. Khi Siddins đến hòn đảo Macquarie vào năm 1812, ông đã gặp nhà thám hiểm người Nga Fabian Gottlieb von Bellingshausen ở đó.

Kỷ nguyên săn hải cẩu trên đảo kéo dài từ năm 1810 đến 1919, trong thời gian đó đã có tổng cộng 144 con tàu đến thăm hòn đảo được ghi nhận lại, 12 trong số đó kết thúc bằng việc bị đắm tàu.[6] Hiện tại còn nhiều di vật của những tàu săn bắt hải cẩu gồm thùng, tàn tích lều, mộ, chữ khắc..

Fabian Gottlieb von Bellingshausen là người đã khám phá khu vực này theo lệnh của Aleksandr I của Nga là người đã tạo ra bản đồ đầu tiên của đảo Macquarie. Bellingshausen đã đặt chân lên đảo vào ngày 28 tháng 11 năm 1820. Tại đây, ông đã xác định vị trí địa lý của nó, trao đổi rượu rum và thức ăn của mình đổi lấy động thực vật của đảo Macquarie với những người săn bắt hải cẩu. Từ năm 1810 đến 1919, hải cẩu và sau đó là chim cánh cụt đã bị săn lùng đến mức gần tuyệt chủng. Điều kiện trên đảo và vùng biển xung quanh khắc nghiệt đến mức, một kế hoạch sử dụng nó như một địa điểm thi hành hình phạt đã bị bác bỏ.

Năm 1877, phi hành đoàn của tàu lặn Bencleugh bị đắm ​​trên đảo trong bốn tháng.[7] Chủ của con tàu là John Sen Inches Thomson đã viết một cuốn sách về những chuyến đi biển của mình, bao gồm cả thời gian ở trên đảo. Cuốn sách được viết vào năm 1912 có tựa đề Voyages and Wanderings In Far-off Seas and Lands (Hành trình và Lang thang ở Vùng biển và Đất xa xôi).[7]

Chính quyền Tasmania đã cho Joseph Hatch thuê hòn đảo trong khoảng thời gian từ 1902 đến 1920 cho ngành công nghiệp dầu đốt dựa trên việc săn bắt chim cánh cụt. Từ năm 1911 đến 1914, hòn đảo đã trở thành căn cứ cho cuộc thám hiểm Nam Cực của người Úc dưới thời Sir Douglas Mawson. George Ainsworth vận hành một trạm khí tượng trên đảo trong khoảng thời gian từ 1911 đến 1913, sau đó là Harold Power (từ năm 1913 đến 1914) và Arthur Tulloch từ năm 1914 cho đến khi nó ngừng hoạt động vào năm 1915.

Năm 1933, chính quyền tuyên bố hòn đảo là khu bảo tồn động vật hoang dã theo Đạo luật Bảo vệ Động vật và Chim của Tasmania năm 1928. Đến năm 1972, nó đã trở thành Khu bảo tồn bang theo Đạo luật Vườn quốc gia và Động vật hoang dã Tasmania 1970.[8] Hòn đảo là khu dự trữ sinh quyển thế giới từ năm 1977 theo Chương trình Con người và Sinh quyển cho đến năm 2011, khi nó được rút ra khỏi chương trình.[9] Vào ngày 5 tháng 12 năm 1997, hòn đảo được UNESCO công nhận là Di sản thế giới như là một địa điểm có ý nghĩa bảo tồn địa chất quan trọng, đồng thời là nơi duy nhất trên Trái đất có những tảng đá từ lớp phủ đang được đẩy lên trên mực nước biển.[8][10]

Vào ngày 23 tháng 12 năm 2004, một trận động đất mạnh độ 8.1 theo Thang độ lớn mô men đã làm rung chuyển hòn đảo nhưng không gây ra thiệt hại đáng kể nào.[11] Cơ quan Khoa học Địa chất Úc đã ban hành một lời cảnh báo nguy cơ sóng thần cho trạm đảo Macquarie.[12] Năm 2018, Bộ phận Nam Cực của Úc đã công bố bản đồ báo hiệu các khu vực đất trên đảo với xác nhận hoặc nghi ngờ nhiễm bẩn bởi amiăng . Ít nhất có hơn một nửa đất đai trên đảo bị nghi ngờ nhiễm amiăng.[13]